一类外泌体中常见的细胞质蛋白是Rabs蛋白，是鸟苷酸三磷酸酶(,)家族的一种。它可以调节外泌体膜与受体细胞的融合，有文献报道称RAB4,RAB5和 主要出现于早期以及回收的核内体中，RAB7 和RAB9主要出现于晚期的核内体。现有大量的研究发现外泌体中含有40种RAB蛋白。除了RAB蛋白，外泌体中富含具有外泌体膜交换以及融合作用的膜联蛋白（包括膜联蛋白1、2、4、5、6、7、11等）。外泌体膜上富含参与外泌体运输的四跨膜蛋白家族（CD63,CD81 和CD9)）、

热休克蛋白家族（(, , , CCT2和以及一些细胞特的蛋白包括A33（结肠上皮细胞来源）、MHC-Ⅱ(抗原提呈细胞来源)、CD86(抗原提呈细胞来源)以及乳凝集素（不成熟的树突状细胞）。其它一些外泌体中的蛋白包括多种的代谢类的酶（,烯醇化酶 1, 醛缩酶 1, PKM2, PGK1, , ,DPP4, AHCY, TPL1, 抗氧化蛋白,P4HB, LDH, 亲环素 A,FASN, MDH1 和CNP）、核糖体蛋白（RPS3）、信号转导因子（黑色素瘤分化相关因子,ARF1, CD2, 人类红细胞膜整合蛋白,）、粘附因子（、整合素）、细胞骨架蛋白以及泛素等。

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